行动科

行动科由一名高级警司指挥，辖下有三个分区，即行动分区、小艇分区及水警总区刑事部。

行动分区

由一名警司指挥，辖下有：

示范截击高速快艇的战术

多重任务截击艇

小艇分区由一名警司指挥，是水警总部的行动单位，负责协助各水警分区执行日常的行动及迅速处理突发事故，包括搜索、救援及根据国际船舶及港口设施保安规则而执行的初步反恐行动。

严重海上事故

非法入境者

水警总区刑事部由一名警司指挥，是水警总区的调查单位，负责调查总区内的严重及复杂案件，包括集团式非法入境及严重海上事故，并部署及执行情报主导的行动以防止及侦查罪案。此外，水警总区刑事部人员亦会向水上及离岛居民，及国际船舶及港口设施保安规则下的机构提供防止罪案的专业意见。